Ředitel

Kancelář ředitele

Sekretariát ředitele

Národní antibiotický program

Národní manažer HIV/AIDS

Středisko pro kvalitu a autorizaci

Koordinace výzkumu a mezinárodní spolupráce

Ústředí monitoringu zdravotního stavu obyvatelstva (MUDr. R. Kubínová)

Oddělení biostatistiky a informatiky (RNDr. B. Procházka, CSc.)

Středisko vědeckých informací (Mgr. J. Veselá)

Odborná centra

Centrum zdraví a životního prostředí (MUDr. H. Kazmarová)

Sekretariát centra

Oddělení hygieny ovzduší a odpadů (RNDr. B. Kotlík)

Oddělení hygieny vody (MUDr. F. Kožíšek)

Centrum zdraví, výživy a potravin (Doc. MVDr. J. Ruprich, CSc.)

Sekretariát centra

Oddělení analýzy bezpečnosti potravin (RNDr. I. Řehůřková, Ph.D)

Oddělení hodnocení zdravotních rizik a aplikované výživy (Doc. MVDr. J.Ruprich, CSc.)

Centrum hygieny práce a pracovního lékařství (MUDr. B. Dlouhá)

Sekretariát centra

Oddělení chemické bezpečnosti (MUDr. M. Hornychová, CSc.)

Oddělení hygieny práce (MUDr. Z. Šmerhovský, CSc.)

Oddělení pracovního lékařství (MUDr. B. Dlouhá)

Oddělení pro hodnocení expozice chemickým látkám na pracovišti (RNDr. J. Mráz, CSc.)

Centrum podpory veřejného zdraví (MUDr. V. Kernová)

Sekretariát centra

Oddělení podpory zdraví (MUDr. V. Kernová)

Oddělení psychosociálních determinant zdraví (Doc. PhDr.V. Kebza, CSc)

Oddělení hygieny dětí a mladistvých (MUDr. V. Faierajzlová,CSc.)

Centrum epidemiologie a mikrobiologie (MUDr. Pavla Křížová, CSc.)

Sekretariát centra

Akreditační pracoviště CEM (AP CEM) (Ing.Ivan Peter)

Laboratoř bakteriální genetiky (Doc. RNDr. Alexandr Nemec, PhD.)

Oddělení epidemiologie infekčních nemocí (MUDr. Jitka Částková, CSc.)

Oddělení bakteriálních vzdušných nákaz (MUDr. Jana Kozáková)

Oddělení bakteriální rezistence a alimentárních bakteriálních nákaz (MUDr. Helena Žemličková, Ph.D.)

Oddělení mykobakterií (MUDr. Ilona Zemanová)

Oddělení respiračních, střevních a exantematických virových nákaz (MUDr. Martina Havlíčková, CSc.)

Oddělení sexuálně přenosných nemocí - STI (MUDr. Hana Zákoucká)

Oddělení zoonóz s přírodní ohniskovostí (RNDr. Petr Kodym, CSc.)

Oddělení DDD (RNDr. František Rettich, CSc.)

Oddělení pro přípravu půd a umývárny (Jana Kremzová)

Centrum toxikologie a zdravotní bezpečnosti (MUDr. D.Jírová, CSc.)

Sekretariát centra

Oddělení pro chemickou bezpečnost výrobků (Ing. K.Vrbík)

Oddělení pro bezpečnost speciálních druhů potravin a mikrobiologii PBU (Ing. D.Winklerová)

Oddělení alternativních toxikologických metod (RNDr. K.Kejlová, Ph.D.)

Oddělení toxikogenomiky (RNDr. P.Souček, Ph.D.)

Oddělení biomediciny a welfare pokusných zvířat(MUDr. D.Jírová, CSc.)

Ekonomickotechnická správa (Ing. M. Holanová)

Sekretariát

Ekonomický odbor (ing. B. Malíčková)

Zaměstnanecký odbor (p. H. Obdržálková)

Provozně technický odbor (ing. M. Holanová)