Posláním centra je realizace následujících činností v oblasti ochrany a podpory veřejného zdraví: 

1.  Laboratorní vyšetřování složek životního a pracovního prostředí jako expertní činnost vyžádaná Ministerstvem zdravotnictví, Centrem odborných činností SZÚ, OOVZ či jinými orgány státní správy (MŽP, MZe, MPSV, ČOI, SZPI, SVS, ÚBP, ČIŽP, Krajské úřady, Policie ČR, soudy, apod.).

2.  Realizace laboratorních vyšetření v rámci monitorování  složek pracovního, životního prostředí, potravin a zdravotního stavu obyvatelstva ( pitná voda, ovzduší, odpady a půda, biologický monitoring, potraviny).

3.  Vyšetřování a hodnocení bezpečnosti výrobků, zejména potravin a pokrmů, předmětů běžného užívání, stavebních materiálů a ostatních výrobků určených pro spotřebitele dle požadavků Ministerstva zdravotnictví, Centra odborných činností SZÚ, OOVZ či jiných orgánů státní správy (například  MPO, MZe, ČOI, SZPI, Celní správou apod.) či orgánů Evropských Společenství.

4.  Poskytování konzultací, laboratorních vyšetření či písemných expertních vyjádření pro podnikatelské subjekty, nevládní organizace nebo  jiné právnické a fyzické osoby, včetně spotřebitelů.

5.  Příprava podkladů pro sledování expozice  a zátěže dětské i dospělé populace cizorodým, toxikologicky významným látkám z prostředí, potravin, z výrobků určených pro spotřebitele,  fyzikálním faktorům a mikroorganismům, zejména  prováděním příslušných laboratorních vyšetření či analýz.

6.  Příprava podkladů  pro hodnocení zdravotních rizik z prostředí či  výrobků, včetně potravin a pokrmů,  pro spotřebitele pro příslušná pracoviště Centra odborných činností.

7.  Ve spolupráci s Centrem odborných činností SZÚ příprava podkladů pro sledování trendů výskytu infekčních onemocnění a možnosti jejich prevence.

8.  Zajištění surveillance infekčních  onemocnění včetně molekulární mikrobiologie a molekulární epidemiologie na národní a mezinárodní úrovni.

9.  Poskytování zdravotní a posudkové péče v oblasti pracovního lékařství, fyziologie  práce a klinické mikrobiologie.

10. Vývoj, zavádění a optimalizace fyzikálních, chemických a biologických vyšetřovacích metod v oblasti toxikologie, mikrobiologie a ochrany veřejného zdraví.

11. Laboratorní ověřování biologické účinnosti biocidů v součinnosti s oddělení registru chemických látek MZ v rámci zákona č.120/2002 Sb.,o podmínkách uvádění biocidů a účinných látek na trh.

12. Normotvorná činnost, validace laboratorních metod, účast v mezilaboratorních porovnávacích zkouškách, v mezinárodních validačních studiích, ve společných metodických a referenčních programech orgánů EK (Joint Research Center, EFSA), v rámci tvorby standardních metod na úrovni ISO, CEN, OECD apod., tvorba metodických návodů a doporučení na národní a mezinárodní úrovni.

13. Referenční činnost  Centra laboratorních činností je zajišťována v úzké spolupráci s odborníky z Centra odborných činností SZÚ na úseku ochrany a podpory veřejného zdraví, k monitorování a výzkumu vztahů životních podmínek  a zdraví a zajištění unikátních metodických laboratorních postupů.

14. Vědecko-výzkumná činnost  v rámci výzkumných projektů Evropské unie, národních a mezinárodních  grantových agentur, případně v rámci bilaterálních smluv mezi státy či organizacemi  se zaměřením na identifikaci zdravotních rizik, možnosti prevence, ochrany a podpora veřejného zdraví, včetně vývoje specifických laboratorních metod. 

15. Mezinárodní spolupráce v oblasti veřejného zdraví a vývoje metodik v oblastech fyzikálních a chemických analýz, toxikologie a mikrobiologie.

16. Účast na přípravě legislativy ES ve spolupráci s Evropskou komisí a Radou Evropy,  na přípravě legislativy ČR ve spolupráci s Centrem odborných činnosti a Ministerstvem zdravotnictví, popřípadě jinými ministerstvy.

17. Pregraduální a postgraduální výchova v  kurzech, seminářích nebo vzdělávacích programech ve zdravotnictví, zejména personálu úředních laboratoří a orgánů ochrany veřejného zdraví. Spolupráce na celoživotním vzdělávání odborných pracovníků ve zdravotnictví, zejména v oblastech hodnocení zdravotních rizik, působení škodlivých faktorů pracovního a životního prostředí a faktorů genetických, preventivního lékařství a pracovně-lékařské péče.

18. Zajištění účasti expertů a expertních stanovisek v rámci kontroly systémů jakosti -   autorizace a akreditace laboratoří, zejména  ve spolupráci  s Centrem odborných činností SZÚ a ČIA.

19. Organizování mezilaboratorních porovnávacích zkoušek v laboratorních činnostech  ochrany veřejného zdraví - ESPT.

20. Příprava odborných materiálů a informací pro zveřejnění  včetně internetových stránek SZÚ