Činnost oddělení sdružuje 4 Národní referenční laboratoře: NRL pro streptokoky a enterokoky, NRL pro meningokokové nákazy, NRL pro hemofilové nákazy, NRL pro difterii a pertusi.

Vedoucí: MUDr. Jana Kozáková.

Aktivity oddělení jsou zaměřeny na: 1) diagnostiku, verifikaci a detailní charakterizaci  bakteriálního agens, 2) průkaz protilátek, 3) molekulární typizaci vybraných izolátů, 4) programy surveillance a jejich využití pro aktualizaci vakcinačních strategií, 5) účast ve studiích směřujících k vývoji nových vakcín,  6) vývoj nových metod, 7) udržování sbírky kultur jednotlivých agens, 8) metodické vedení mikrobiologických laboratoří celé republiky, 9) účast v mezinárodních studiích, 10) hlášení do mezinárodních databází TESSy, MLST, EMERT. V programu zkoušení způsobilosti pro mikrobiologické laboratoře odpovídá Národní referenční laboratoř pro streptokoky a enterokoky za EHK-Sérologie Streptococcus pyogenes. Tento program  je akreditován u ČIA v rámci Expertní skupiny pro zkoušení způsobilosti SZÚ Expertní skupiny pro zkoušení způsobilosti SZÚ.