Pracoviště zpracovává pro Ministerstvo zdravotnictví a další orgány státní správy stanoviska a podklady pro novou legislativu a metodické pokyny. Oddělení zajišťuje metodické a postgraduální vzdělávání a konzultace, a to nejen v rámci hygienické služby. Pracoviště spolupracují na zajištění subsystému I - Zdravotní rizika ze znečištěného ovzduší systému monitorování zdravotního stavu obyvatelstva (MZSO). Z pověření MZ jsou na oddělení stanovovány referenční koncentrace chemických látek v ovzduší. Jsou zde posuzovány nové postupy a technologie z hlediska hodnocení zdravotních rizik, například nakládání s odpady, sanace starých zátěží apod.  Součástí oddělení je Národní referenční laboratoř (NRL) pro venkovní ovzduší (vedoucí: RNDr. Bohumil Kotlík, Ph.D.) a Národní referenční centrum (NRC) pro hygienu půdy a odpadů (vedoucí: MUDr. Magdalena Zimová, CSc.).

 Oddělení hygieny ovzduší a odpadů je vnitřně, podle řešené problematiky, rozděleno do dvou částí: