Činnost pracoviště zastřešující  Národní referenční laboratoř pro mykobakterie je zaměřena na diagnostiku mykobakteriálních agens, stanovování citlivosti mykobakterií k antituberkulotikům, molekulární typizaci a stanovení citlivosti na léky, a uchovávání kultur.

Vedoucí: MUDr. Ilona Zemanová.

Oddělení je akreditováno ČIA. V rámci programu zkoušení způsobilosti pro mikrobiologické laboratoře odpovídá Oddělení mykobakterií za EHK - mykobakteriologická diagnostika. Tento program je akreditován u ČIA v rámci Expertní skupiny pro zkoušení způsobilosti SZÚ.