V každém městě bylo systematickým náhodným výběrem vybráno k dotazníkovému šetření 800 osob (400 mužů a 400 žen) ve věku 45-54 let. V I. a II. etapě byla polovina vybraných osob pozvána k lékařskému vyšetření, které zahrnovalo změření krevního tlaku, tělesné výšky a hmotnosti, obvodu pasu a boků a stanovení hladiny celkového cholesterolu v krvi. Dotazníky respondentům předávali tazatelé z řad hygienické služby a další proškolení tazatelé. Jejich hlavním úkolem bylo navázat kontakt s respondentem a přesvědčit ho k účasti ve studii. Následně tazatelé prováděli kontrolu a sběr vyplněných dotazníků. Dotazník vyplňoval respondent sám, bez pomoci tazatele.
První etapa studie HELEN se uskutečnila v letech 1998 až 2002 v 27 městech ČR zařazených do Systému monitorování. V první etapě studie byly získány údaje celkem od 14 214 osob (výsledná 
respondence byla 69,7%). Lékařského vyšetření se zúčastnilo celkem 3 649 osob, dosažená respondence byla 36,5 %.
Výsledky první etapy
2003 Souhrnné výsledky I. etapy studie HELEN- Výsledky frekvenční analýzy studie HELEN 1998 – 2002:
Druhá etapa studie HELEN proběhla v letech 2004 (Brno, České Budějovice, Hradec Králové, Karviná, Kladno, Most, Olomouc, Plzeň, Žďár nad Sázavou) a 2005 (Děčín, Havlíčkův Brod, Jablonec n. Nisou, Jihlava, Klatovy, Kroměříž, Liberec, Mělník, Ostrava, Praha 10, Příbram, Svitavy, Šumperk, Ústí nad Labem, Ústí nad Orlicí, Znojmo) celkem v 25 městech. Jednalo se o opakování studie stejnou metodikou ve většině měst. V II.etapě dotazník vyplnilo celkem 9 230 osob, celková respondence dotazníkového šetření byla 49,9 %. Lékařského vyšetření se zúčastnilo 1 827 osob, celková účast na vyšetření byla 20,4 %.
Výsledky druhé etapy
2004 (Brno, České Budějovice, Hradec Králové, Karviná, Kladno, Most, Olomouc, Plzeň, Žďár nad Sázavou)- 2005 Souhrnné výsledky II. etapy studie HELEN
- 2006 Vztah vybraných faktorů a zdraví, výsledky lékařského vyšetření a porovnání vybraných výsledků I. a II. etapy studie
Třetí etapa studie HELEN byla zahájena v roce 2009 v deseti městech ČR (Brno, České Budějovice, Hradec Králové, Karviná, Kladno, Mělník, Most, Olomouc, Plzeň, Žďár nad Sázavou). V roce 2010 pak šetření pokračovalo v Jihlavě, Kroměříži, Liberci, Ostravě, Praze, Šumperku, Ústí nad Labem, Ústí nad Orlicí a Znojmě. V této etapě byly zpracovány údaje celkem 5 103 respondentů, což znamenalo respondenci 41,6 %.
Výsledky třetí etapy
- 2009 Výsledky šetření za rok 2009 (Brno, České Budějovice, Hradec Králové, Karviná, Kladno, Mělník, Most, Olomouc, Plzeň, Žďár nad Sázavou)
- 2010 Výsledky studie HELEN za oba roky (2009-2010) III. etapy. Součástí zprávy je kapitola Demografické stárnutí.
- 2011 Porovnání vybraných výsledků I., II. a III. etapy studie
- 2012 Vztah vybraných faktorů a zdraví, výsledky lékařského vyšetření
- 2013 Porovnání životního stylu zdravé populace středního věku s osobami trpícími kardiovaskulárními nemocemi a jejich rizikovými faktory.
- 2014 Vliv socioekonomických faktorů na životní styl
Studie HELEN byla po 3. etapě přerušena.