Home » Témata zdraví a bezpečnosti » Nemoci a jejich prevence » Infekční nemoci » A - Z infekce » C » Coronaviry » Onemocnění COVID-19, nový koronavirus SARS-CoV-2 » Laboratoře + NRL
Stáhnout článek jako PDF Vytisknout

Laboratoře + NRL

Laborator1.jpg


 

1 2 3   Následující   ››

Situace se v zásadě nemění. Delta a její subvarianty jsou v pozitivních vzorcích zastoupeny zhruba v poměru 50:50

Situace, s ohledem na výskyt variant covid-19, zůstává v ČR prakticky stejná, delta varianta dál ustupuje svým vlastním vývojovým subvariantám. Momentálně se v celogoenomově sekvenovaných vzorcích vyskytují původní delta a její subvarianty zhruba půl na půl. Z hlediska vývoje situace pro pacienty klinická praxe nehlásí změny.


 

Celogenomová sekvenace v ČR 2021 - týdenní zprávy

Za rok 2021 bylo k 6.8.2021 v ČR celogenomově sekvenováno 6 155 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků.


 

Původní varianta delta dále ustupuje vlastním subvariantám, situace se ale výrazně nemění

Podíl původní varianty delta ve výsledcích z celogenomové sekvenace představuje aktuálně zhruba 60 %. Pozorujeme nárůst podílu stejných subvariant delta varianty, které se šíří i v dalších zemích. Z hlediska chování viru v populaci však klinická praxe zatím nehlásí žádné změny. Na základě vyšetření metodou diskriminační PCR pak lze konstatovat, že na variantu delta, a to včetně subvariant, připadá stále přibližně 95 % pozitivních případů.


 

Alfa už skoro vymizela, dominuje delta a její subvarianty

Diskriminační PCR testy ukazují, že na variantu delta, včetně jejích subvariant, připadá v ČR přibližně 95 % případů. Dříve dominantní alfa se již téměř nevyskytuje. Trend potvrzuje i podrobná celogenomová sekvenace, podle které podíl původní varianty delta klesá na 56 % a posilují její subvarianty. Tento vývoj je v Česku podobný jako v okolních zemích. Data také ukazují, že nemoc se stále častěji týká především mladých lidí.


 

Situace se v zásadě nemění, převažuje varianta delta s výskytem subvariant

Na základě dat z diskriminační PCR za posledních 14 dnů a dat z celogenomové sekvenace SARS-CoV-2 za srpen je zřejmé, že v České republice přetrvává dominance varianty delta, v rámci které narůstá podíl jejích subvariant, souhrnně označovaných jako delta +. Výskyt těchto subvariant hlásí i zahraničí. Této skutečnosti odborníci v některých zemích připisují nárůsty pozitivně testovaných. V Česku takový vývoj zatím data neukazují.


 

Stále dominuje varianta delta včetně subvariant

Dle výsledků vyšetření metodou diskriminační PCR z celkem 72 laboratoří napříč Českou republikou převažuje varianta delta přibližně v 95 % pozitivních vzorků. Na všechny ostatní varianty, včetně dříve dominantní varianty alfa, připadá kolem 1 % záchytů. Celogenomové sekvenace za srpen pak ukazují podíl původní varianty delta zhruba 77 %. Na subvarianty delty, obecně označované jako delta +, připadá aktuálně zhruba 20% nálezů.


 

Delta dominuje. Cestovatelé zřejmě dovezli nové linie viru, jde zatím o jednotky případů

Z kombinovaných dat z diskriminační PCR za posledních 14 dnů a celogenomové sekvenace pozitivních vzorků SARS-CoV-2 za červenec je zřejmé, že stále přetrvává dominance varianty delta, a to z 95 procent. V souvislosti s prázdninovým cestováním zřejmě dochází i k minoritním importům jiných linií viru. Tato skutečnost je nová, celkem 8 zachycených vzorků pochází z více laboratoří a příslušnost k variantě definitivě určí až celogenomová sekvenace.


 

Delta v ČR téměř vytlačila ostatní varianty covid-19, laboratoře zachytily subvariantu delty

V ČR je jasně patrná narůstající dominance varianty delta a postupná eliminace všech dalších variant. V rámci diskriminačních PCR lze vyslovit podezření na detekci varianty delta až u 97 % vzorků. Dříve dominantní alfa nyní zabírá méně než 4 % vzorků. Nově sekvenace definovala subvariantu delty, označovanou AY.3, a to zpětným zkoumáním starších vzorků novým algoritmem. 


 

Varianta delta v ČR dominuje, ale šíření viru naráží na bariéru očkování a imunity po prodělaném onemocnění

Relativně malý počet pozitivních detekcí viru při současné dominanci varianty delta lze přisoudit i účinnosti vakcinace a také přetrvávající imunitě těch, kteří covid-19 prodělali. Na základě kombinovaných dat z diskriminační PCR za posledních 14 dnů a celogenomové sekvenace SARS-CoV-2 pozitivních vzorků z července se potvrdila dominance varianty delta na území ČR, a to z 90 procent.


 

Varianta delta je v ČR dominantní z 80 - 90 procent

Dle kumulativních celorepublikových dat dostupných za poslední dva týdny bylo v 71 laboratořích napříč Českou republikou vyšetřeno celkem 2186 SARS-CoV-2 pozitivních vzorků a určena příslušnost k variantě viru. Na základě kombinovaných dat z celogenomové sekvenace a diskriminačního PCR lze konstatovat, že varianta delta dominuje na celém území ČR, a to z 80 – 90 %. Nově evidujeme také podezření na záchyt případů delta plus varianty, která se dosud v ČR potvrdila pouze v jediném případě. Toto podezření na další výskyt musí ještě potvrdit sekvenace.  


 

Varianta delta v ČR dominuje

Na základě výsledků z celorepublikově hlášených dat z diskriminačních PCR za poslední dva týdny lze říci, že varianta delta je celoplošně dominantní a to ze 70 až 80 procent. Nově byl zachycen výskyt delta+ (AY.1.) varianty v Jihomoravském kraji. Jde o jediný záchyt v ČR. Britská varianta, která byla dominantní v minulosti, je nyní zastoupena zhruba z 10 procent, jihoafrická a brazilská varianta se vyskytují ojediněle.


 

Státní svátky znamenaly malý počet vzorků k sekvenaci

Vzhledem k aktuálně nízkému počtu pozitivních vzorků s ohledem na víkend prodloužený navazujícími státními svátky se počty zachycených variant v ČR výrazně oproti minulé zprávě nemění. Z diskriminačních PCR, která má Národní referenční laboratoř (NRL) k dispozici vyplývá, že podíl varianty delta roste. Data ovšem nelze přímou úměrou označit za číslo procentuálního plošného výskytu sledovaných variant v daných krajích ani obecně mezi nakaženými koronavirem v české populaci.


 

Výskyt delta mutace COVID-19 se v ČR se mírně zvyšuje

Ke dni 2. 7. 2021 bylo za ČR osekvenováno a do GISAID vloženo 4 830 celogenomových sekvencí. V týdnu od 28. 6. do 2. 7. laboratoře prokázaly celkem 6 nových případů mutace delta z nově osekvenovaných 22 vzorků, a to čtyři případy v Jihomoravském kraji a dva v Praze.


 

WGS - DISKRIMINATIVNÍ PCR v České republice

Prezentace s údaji o strategii WGS, souhrny údajů z WGS, přehledy variant zjištěných v České republice v roce 2021 a dalšími.


 

VYUŽITÍ SEKVENACE A PCR PŘI SLEDOVÁNÍ VIRU SARS-COV2

Sekvenace je důležitá pro sledování změn viru SARS-COV2 v čase . Výsledkem sekvenačního procesu je „přečtení celého genomu viru“. Celý proces zpracování vzorku od příjmu k nám do NRL až po získání  výsledku přiřazeného k pacientovi trvá 20-30 dní (viz schéma). K této době přispívá to, že jsou vzorky do NRL sváženy, zpracovávány v poču po 94 a předávány do dalších sekvenačních center.


 

Laboratorní vyšetřování původce covid-19

Přehled vyšetřujících laboratoří zapojených do systému hlášení a splňujících podmínky pro vyšetřování původce covid-19 k 17.5.2021


 

SARS-CoV-2: metodický pokyn zajištění vzorků pro celogenomovou sekvenaci

Zpráva NRL


 

SARS-CoV-2: metodický pokyn sledování variant a klíčových mutací

Informace NRL, k 18.3.2021: Metodický pokyn sledování variant a klíčových mutací


 

Surveillance variant/mutací SARS-CoV-2 v ČR

Prezentace NRL pro ECDC.


 

Celogenomové sekvence (WGS) SARS-CoV-2 v ČR k 5.3.2021

Souhrnné údaje o počtu celogenomových sekvencí (WGS) SARS-CoV-2 v ČR. 


 
1 2 3   Následující   ››

 

 

 

Nahoru